Пароходство уже стояло на учёте в Комитете по несостоятельности и банкротству. Объёмы перевозок в Енисейском бассейне падали катастрофически, клиентура была неплатежеспособной и в работе была задействована только третья часть флота. Пришлось сокращать расходы, резервировать зарплаты, прекратить приобретение запасных частей для флота, который ремонтировали за счёт судов, не введённых в эксплуатацию. Выжить помог и флот загранплавания. В 1996 году в бассейнах Балтийского, Чёрного и Средиземного морей работало 21 судно, сданных в бербоут-чартер (фрахтование без экипажа).
Ими было перевезено 800 тонн грузов, чистая валютная выручка составила 600 тысяч долларов, за счет которой гасились налоги, частично — долги по зарплате. Понадобилось около трёх лет, чтобы пароходство с трудом встало на ноги. Первым признаком возрождения предприятия стало усиленное проявление интереса к его акциям.