2 260 речников Енисейского пароходства сражались на фронтах Великой Отечественной войны. 391 из них погибли в боях. Имена фронтовиков увековечены на мемориальных досках на зданиях управления и филиалов пароходства.
Пятеро удостоены высшей награды — звания Героя Советского Союза. Это моторист Енисейского речного пароходства Василий Семенович Олейников, который совершил 103 боевых вылета и уничтожил 25 танков на Ленинградском фронте. Капитану парохода «Стрела» Леониду Николаевичу Ефимову высокое звание было присвоено за форсирование Днепра. Его именем назван теплоход «Герой Ефимов». Герой Советского Союза Юрий Николаевич Петелин в годы войны был командиром звена 98-го авиаполка 52 авиационной дивизии, совершил 232 боевых вылета. Москвин Виктор Аркадьевич – единственный бакенщик на Енисее, которому было присвоено звание Героя Советского Союза. В составе группы разведчиков в ночь на 17 апреля 1945 года он форсировал Одер. Его имя носит на Енисее один из путейских теплоходов – «Герой Москвин». Александр Михайлович Корольский в составе мотострелкового батальона 69-й механизированной бригады форсировал в первых рядах Днепр. Заменив погибшего командира взвода, руководил обороной отвоёванного клочка земли на правом берегу реки. Трое его сыновей так же воевали, дошли до Берлина. Только в 1964 году сыну Борису была вручена Грамота Президиума Верховного Совета СССР о присвоении Александру Михайловичу звания Героя, и сыновья узнали о судьбе отца, долгое время считавшегося пропавшим без вести.
До Берлина дошел и Иван Васильевич Дементьев, командир взвода легендарных «Катюш», награждённый орденом Александра Невского. И даже сфотографировался с однополчанами на крыше Рейхстага. После войны он работал капитаном дизель-электрохода «Композитор Калинников», затем возглавлял службу безопасности судовождения Енисейского речного пароходства.
Из-за того, что работники плавсостава ушли добровольцами на фронт, к 30 июля 1941 года требовались 159 капитанов и штурманов, 170 механиков и их помощников. Пароходству срочно нужны были новые кадры. На суда стали массово приходить женщины, которые становились операторами, матросами, мотористами, грузчиками, судоводителями, лоцманами. В судоремонтных цехах так же работали женщины и подростки. В июле 1941 года на предприятия и суда Енисейского пароходства, взамен мобилизованных на фронт речников, устроились 257 женщин.
Любовь Прокопьевна Степанькова – стала единственной на речном флоте женщиной-механиком. Конечно, не сразу. В 16 лет, после окончания ремесленного училища по профессии моторист-слесарь, ее направили маслёнщицей на теплоход «Большой Красноярск». А вскоре смышленую и старательную девушку назначили на должность помощника механика. Шла война, рабочих рук не хватало, поэтому приходилось трудиться в машинном отделении по две вахты подряд. Судно работало на дровах, вся команда участвовала в их погрузке в деревне Брагино. Перевозили не только пассажиров, но и фураж, продукты питания для фронта. А заветной мечтой Любы было добиться должности механика, и девушка смогла её осуществить. В 1950 году, после окончания техникума, Любовь назначили механиком теплохода «Туркменистан». После рождения трех дочек Любовь Прокопьевна осталась работать на берегу механиком – линейным, а потом и групповым, курировала «крылатый» флот — метеоры и ракеты.
А первой женщиной-капитаном на Енисее была Мария Николаевна Ильина: она работала на пароходной линии, которая соединяла правый и левый берег Енисея параллельно понтонному мосту. В апреле 1942 года ее назначили вторым штурманом парохода «Максим Горький», а в 1944 году, она стала капитаном этого судна. Марии тогда было всего 20 лет! В 1953 году ее перевели капитаном на пассажирский пароход «Александр Пушкин», курсирующий на пригородной линии Красноярск – Затон. Речные навигации Ильиной продолжались до 1962 года. Она так и соединяла берега растущего Красноярска. 24 сентября 1946 года Указом Президиума Верховного Совета СССР Мария Ильина была награждена медалью: «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.». А спустя 3 года ей было присвоено звание «Лучший капитан Министерства речного флота СССР». В 1954 году получила медаль «За трудовое отличие».
30 июня 1941 года был утвержден мобилизационный план, в котором предусматривался рост военных транспортировок за счет остальных грузов. Исключения составляли нефть и нефтепродукты, зерно, уголь, металл, имевшие важное оборонное значение. Несмотря на все меры, не удавалось наладить четкого графика работы судов. Во многом это было вызвано задержками в Красноярском речном порту. Погрузочно-разгрузочной техники практически не было, поэтому грузчикам приходилось все переносить на собственных спинах. Самые сильные работники воевали на фронте. Суда простаивали в ожидании.