Инициатором его создания был начальник пароходства Александр Афанасьевич Печеник. А основателем и первым директором стал Михаил Демьянович Селиванов, енисейский капитан ветеран речного флота, который проработал в пароходстве 50 лет, из которых 40 лет – капитаном. Вместе с коллегами он по крупицам собирал фотографии, документы и артефакты.

С 2010 года музеем руководит Борис Михайлович Гончаров, отдавший енисейскому флоту больше полувека, из них 13 лет он проходил капитаном. Один из самых редких экспонатов здесь – рында с парохода «Гленмор», отлитая в 1897 году в Англии. Судно было переименовано в «Карл Маркс» и до 1962 года ходило по Енисею. Есть в музее и капитанская каюта, и капитанский мостик, почти все модели пассажирских теплоходов, работающих на Енисее.

В мае 2002 года краевое управление культуры присвоило музею звание «народный». С тех пор его полное наименование – Народный музей истории и развития судоходства в Енисейском бассейне. Ежегодно его посещают более 3000 человек.