У руля пароходства в разные годы стояли: Алексей Терентьевич Парышев (1931–1932) , Павел Михайлович Мещеряков (1932–1937), Николай Степанович Гавриленко (1937–1938), Николай Семёнович Овсянников (1938–1939), Иван Михайлович Назаров (1939–1942 и 1947–1970), Самуил Нахимович Железняк (1942-1947), Степан Иванович Фомин (1970-1984), Александр Афанасьевич Печеник (1984-1995), Иван Антонович Булава (1995-2003), Валерий Васильевич Кургузов (2003–2004), Феликс Вячеславович Михайловский (2004-2006), Николай Петрович Молочков (2006–2009), Александр Борисович Иванов (2009-2014), Андрей Васильевич Яковлев (2014-2019).
С 2019 года Енисейское речное пароходство и его дочерние общества,
Красноярский речной и Лесосибирский порты (ссылка) находятся под управлением компании «Норникель-ЕРП». Она стала «единым окном» для клиентов, которые ранее вынуждены были заказывать разные связанные услуги (перевозка, обработка грузов) у нескольких подрядчиков. В функции управляющей организации «Норникель-ЕРП» входят коммерческая работа, юридическое и финансово-экономическое сопровождение, материально-техническое обеспечение, корпоративная защита и другие административные и вспомогательные функции предприятий.
Генеральными директорами «Норникель-ЕРП» были: Олег Геннадьевич Шпагин (июль 2019 года — май 2021 года), Ольга Владимировна Ксанф (март 2022 года — ноябрь 2025 года).
С ноября 2025 года компанию «Норникель – Енисейское речное пароходство» возглавляет Андрей Викторович Вискунов.
Успешная работа Енисейского речного пароходства — заслуга многих поколений речников, ветеранов и всего высокопрофессионального коллектива. Компания, сохраняя традиции и приумножая опыт, продолжает уверенное развитие на современном рынке транспортных услуг.
Награды Енисейского речного пароходства:11967 год — Почетное Знамя на вечное хранение от МРФ и ЦК отраслевого профсоюза: за успехи, достигнутые коллективом в социалистическом соревновании.
1971 год — Орден Ленина.
1996 год — Международная награда «Факел Бирмингама»: за развитие в трудных условиях рынка.
2000 год — Международный приз «Хрустальная Ника: за успехи в бизнесе».
2009 год — Международная общественная премия транспортной отрасли «Золотая колесница» в номинации «Лучшее российское региональное предприятие внутреннего водного транспорта» за 2008 год.
2013-2023 годы – 8 наград федерального отраслевого конкурса Росморречфлота «Лидер отрасли».
С 2016 года Енисейское речное пароходство ежегодно включают во Всероссийский реестр лучших предприятий страны «Книга Почёта».